Cms cotonti: Расширения — Cotonti

Система управления сайтом CMS Cotonti

Cotonti (Котонти) — это система управления сайтом (CMS) на базе PHP, использующая для хранения данных реляционную БД MySQL. Cotonti является бесплатным программным продуктом с открытым кодом, распространяемым под лицензией BSD и развивающимся благодаря усилиям интернационального сообщества.

История проекта

CMS Cotonti (чаще называемая CMF — Content Management Framework) является логическим развитием CMF Seditio, разработанной французским программистом Olivier ‘Neuro’ Chapuis в 2006 г. CMF Seditio, в свою очередь, берет начало от CMS Land Down Under, работа над которой началась еще в 2001 г. Таким образом, можно считать, что Cotonti вобрала в себя все самое лучшее за почти 10 лет развития линии LDU -> Seditio -> Cotonti.

Ключевым отличием Cotonti от Seditio является тот факт, что система развивается и совершенствуется не только руководителями проекта и командой разработчиков, но и сообществом энтузиастов, разрабатывающих дополнительные расширения (плагины), темы оформления (скины) и пакеты локализации.

Технические возможности Cotonti

Архитектура Cotonti позволяет применять ее для создания различных типов сайтов: от сайтов-визиток и новостных сайтов до каталогов, форумов и сайтов-порталов. Функциональность системы обеспечивается ядром и встроенными модулями, а также подключаемыми плагинами.

Ядро Cotonti включает в себя следующие модули:

  • модуль управления страницами и категориями страниц, позволяющий создавать удобную древовидную систему категорий для публикуемых на веб-сайте материалов

  • модуль регистрации и управления учетными записями пользователей

  • модуль форумов

  • модуль опросов (включающий возможности по созданию опросов в форумах)

  • модуль обмена личными сообщениями

  • модуль загрузки файлов в Персональное файловое пространство

  • модуль поддержки RSS для категорий страниц, комментариев и форумов

  • модуль поддержки расширений (плагинов)

  • модуль создания «человеко-понятных» URL (ЧПУ)

  • модуль управления сайтом

В дистрибутив Cotonti включены расширения (плагины) новостной ленты, поиска, поддержки тэгов для страниц и форумов и др. Дополнительные плагины, размещенные на сайте поддержки Cotonti и в репозитории позволяют расширить и дополнить функциональность системы до необходимого уровня.

Начиная с версии 0.0.1 Cotonti поддерживает технологию Ajax для динамической подгрузки содержимого без полного обновления страницы и имеет встроенную библиотеку jQuery.

Темы оформления (скины)

Создание сайта на базе Cotonti строится с использованием сменных тем (скинов). Схема построения темы отличается хорошо продуманной логикой и гибкостью и рассчитана на пользователей любого уровня. В ядре практически отсутствует HTML-код, и пользовательское оформление доступно как для frontend (внешний вид веб-сайта), так и (опционально) для backend (интерфейс управления) элементов. Таким образом, обеспечивается легкость использования дизайнерских решений для пользователей среднего уровня, и возможность оформления и настройки «под себя» для более опытных веб-дизайнеров.

Поддержка локализации (перевода) интерфейса для разных языков

Cotonti позволяет управлять языками пользовательского интерфейса (устанавливать язык «по умолчанию», переключать языки «на лету» или запрещать такое переключение). В базовый комплект Cotonti входят английская и русская локализация сайта. На сайте поддержки проекта доступны для скачивания пакеты локализации на следующие языки:

  • голландский

  • итальянский

  • немецкий

  • польский

  • турецкий

  • украинский

Системные требования

Системные требования к хостингу для Cotonti невысоки. Для установки и работы системы вам потребуется:

  • веб-сервер Apache или любой другой веб-сервер, допускающий исполнение PHP-кода

  • СУБД MySQL версии 5.0 или выше

  • PHP версии 5.1 или выше с расширениями gd, mbstring, mysql, pcre и session

Преимущества Cotonti

Кратко перечислим основные достоинства CMF Cotonti, которые позволят Вам принять правильное решение при выборе системы управления сайтом:

  • открытый исходный код, поддержка, бесплатное распространение

  • безопасность и надежность кода

  • скорость и компактность

  • модульность и расширяемость

  • полное разделение логики (кода) и оформления

  • эффектные возможности, достигаемые за счет использования технологий jQuery и Ajax

  • обеспечение многоязычности интерфейса и обеспечение разноязычного контента

  • дружественность к пользователю, простота и легкость в понимании, отсутствие требований к владению PHP

Веб-разработка на CMS / CMF Cotonti

10.

Всем успехов, добра и удачи!

Эл. почта для связи [email protected]

— Бесплатные расширения для cotonti
  • thanks — Спасибо cotontidev

  • ds — Dialog System v2.5.1 · module

  • ads — Рекламные объявления v1.0.0 · plugin

  • checkextrafields — Проверка экстраполей на заполнение v1.0.0 · plugin

  • routemap — Карта с маршрутом для проектов v1.1.0 · plugin

  • prjmap — Вывод проектов на общей карте в виде меткок bundle (v1.0.4 — 1. 3.2) · plugin

  • payoffers — Коммисия за предложения по проектам v1.0.1 · plugin

  • geotargeting — Геотаргетинг для Фриланс-биржи и Доски объявлений bundle (fl 1.5.0 & tiu 1.3.0) · plugin

  • searchforms — Генерация форм для поиска по всем критериям включая экстраполя v1.0.0 · plugin

  • userwall — Стена записей в профиле пользователя bundle (v1.0.1 — 1.0.2) · plugin

  • timeline — История активности пользователей v1.2.0 · plugin

  • reviewstar — Рейтинг пользователя в виде звезд на основе отзывов v1. 0.1 · plugin

  • clients — Отображение клиентов исполнителя v1.0.0 · plugin

  • recaptcha — reCaptcha API 2.0 v1.0.0 · plugin

  • listpoints — Просмотр изменения рейтинга пользователя v1.0.0 · plugin

  • ajaxpopover — Отображение информации профиля, проекта или портфолио в Popover v1.0.2 · plugin

  • fastpassrecover — Востановление пароля без подтверждения по email v1.0.0 · plugin

  • sxgeo — SxGeo IP base v2 v1. 0.1-2.2.4 · plugin

  • payprojects — Платное размещение проектов v1.0.0 · plugin

  • paycontacts — Подписка на доступ контактов v1.0.1 · plugin

  • selectmulticats — Возможность выбора нескольких категорий вместо 1 v2.0.0 · plugin

  • eventindicator — Индикатор новых событий в сделке/проекте v1.0.0 · plugin

  • sendfieldstomail — Отправка письма с данными страницы v1.0.0 · plugin

  • easypaygroup — Платный переход в другую группу пользователей v1. 0.0 · plugin

  • editoffer — Редактирование предложений v1.0.0 · plugin

  • editofferposts — Редактирование сообщений по предложенииям v1.0.0 · plugin

  • laterprj — Отложенная публикация проекта v1.0.0 · plugin

  • savesearch — Сохранение поисковых форм v2.0.0 · plugin

  • usersexport — Экспорт пользователей по группам v1.0.0 · plugin

  • usertexthint — Подсказки категорий v1.0.0 · plugin

  • offerspost — Просмотр сообщений по предложениям v1. 0.0 · plugin

  • censored — Фильтр запрещенных слов для проектов v1.0.0 · plugin

  • authbyuser — Авторизация под любым пользователей v1.0.0 · plugin

  • marketfav — Избранные товары v1.0.0 · plugin

  • projectfav — Избранные проекты v1.0.0 · plugin

  • whowhere — Кто где v1.0.0 · plugin

  • exchangerates — Курсы валют v1.0.0 · plugin

  • mailchimp — API для mailchimp. com v1.0.0 · plugin

  • sendpulse — API для sendpulse.com v1.0.0 · plugin

  • alfabank — Биллинг Alfabank v1.0.0 · plugin

  • sberbankbilling — Биллинг Сбербанк v1.0.0 · plugin

  • molliebilling — Биллинг Mollie v1.0.1 · plugin

  • payboxmoney — Биллинг Paybox money v1.0.0 · plugin

  • millikartbilling — Биллинг Millikart v1.0.0 · plugin

  • walletonebilling — Биллинг walletone (Единая касса) v1. 0.0 · plugin

  • roboxbilling — Биллинг RoboKassa + Фискализация v1.0.6-0.0.1 · plugin

  • qiwiwalletbilling — Биллинг Qiwi кошелёк v1.0.1 · plugin

— Платные расширения для cotonti
  • cotcryptoniq — Cryptocurrency Decentralized Payment Gateway. Pay with BTC, ETH, LTC, TRX, DOGE, ZEC, DASH. v1.0.1 · plugin

  • unitpay — Биллинг Unitpay v1.0.1 · plugin

  • paypal — Биллинг Paypal v1.0.0 · plugin

  • stripe — Биллинг Stripe v1. 0.1 · plugin

  • enot — Биллинг Enot v1.0.1 · plugin

— Полезное для cotonti

— Помог с проектом?

Через форму ниже, можно легко меня удивить =)

Транскриптомный анализ цитоплазматической мужской стерильности и восстановление хлопка CMS-D8

. 2013 Окт;32(10):1531-42.

doi: 10.1007/s00299-013-1465-7.

Epub 2013 7 июня.

Хидэаки Судзуки
1
 , Лаура Родригес-Урибе, Цзяннун Сюй, Цзиньфа Чжан

принадлежность

  • 1 Департамент растений и наук об окружающей среде, Университет штата Нью-Мексико, Лас-Крусес, Нью-Мексико, 88003, США.

  • PMID:

    23743655

  • DOI:

    10.1007/s00299-013-1465-7

Хидэаки Судзуки и др.

Представитель растительных клеток.

2013 9 октября0003

. 2013 Окт;32(10):1531-42.

doi: 10.1007/s00299-013-1465-7.

Epub 2013 7 июня.

Авторы

Хидэаки Судзуки
1
 , Лаура Родригес-Урибе, Цзяннун Сюй, Цзиньфа Чжан

принадлежность

  • 1 Департамент растений и наук об окружающей среде, Университет штата Нью-Мексико, Лас-Крусес, Нью-Мексико, 88003, США.

  • PMID:

    23743655

  • DOI:

    10.1007/s00299-013-1465-7

Абстрактный

В этом исследовании был представлен глобальный взгляд на дифференциальную экспрессию генов CMS-D8 хлопка, который облегчит понимание цитоплазматической мужской стерильности хлопка. Цитоплазматическая мужская стерильность (CMS) — это наследуемый по материнской линии признак высших растений, который не способен производить функциональную пыльцу. Однако мужская фертильность может быть восстановлена ​​одним или несколькими генами-восстановителями, кодируемыми ядром. Полногеномный транскриптомный анализ CMS и восстановления у хлопчатника в настоящее время отсутствует. В этом исследовании Affymetrix GeneChips© Cotton Genome Array, содержащий 24 132 транскрипта, использовался для сравнения дифференциально экспрессируемых (DE) генов цветочных почек на стадии мейоза между ЦМС и его растениями-восстановителями хлопчатника, обусловленными цитоплазмой D8. Всего 458 (1,9%) генов ДЭ, в том числе 127 с повышающей и 331 с пониженной экспрессией, идентифицированы в линии CMS-D8. Количественную ОТ-ПЦР использовали для проверки 10 генов DE, выбранных из семи функциональных категорий. Было обнаружено, что наиболее частая группа генов DE кодирует предполагаемые белки, участвующие в расширении клеточной стенки, такие как пектинэстераза, пектатлиаза, пектинметилэстераза, глиоксальоксидаза, полигалактуроназа, индол-3-уксусная кислота-аминосинтетаза и ксилоглюканэндо-трансгликозилаза. Гены в категории цитоскелета, включая актин, который играет ключевую роль в расширении клеточной стенки, удлинении клеток и клеточном делении, также были сильно дифференцированно экспрессированы между фертильными и CMS-растениями. Эта работа представляет собой первое исследование по использованию микрочипа для идентификации генов, связанных с CMS, путем сравнения общих генов DE между фертильными и CMS-растениями хлопчатника. Результаты свидетельствуют о том, что многие гены, связанные с CMS, в основном участвуют в расширении клеточной стенки. Потребуется дальнейший анализ для выяснения молекулярных механизмов мужской стерильности, что облегчит разработку новых гибридных сортов хлопчатника.

Похожие статьи

  • Секвенирование транскриптома и анализ de novo цитоплазматической мужской стерильности и поддержания хлопка JA-CMS.

    Ян П., Хан Дж., Хуан Дж.
    Ян П. и др.
    ПЛОС Один. 2014 5 ноября; 9 (11): e112320. doi: 10.1371/journal.pone.0112320. Электронная коллекция 2014.
    ПЛОС Один. 2014.

    PMID: 25372034
    Бесплатная статья ЧВК.

  • Комбинированный анализ секвенирования малых РНК и транскриптома выявил регуляторную роль miRNAs во время развития пыльников хлопчатника Upland, несущего цитоплазму цитоплазмы мужской стерильности Gossypium harknessii (D2).

    Zhang B, Zhang X, Liu G, Guo L, Qi T, Zhang M, Li X, Wang H, Tang H, Qiao X, Pei W, Shahzad K, Xing C, Zhang J, Wu J.
    Чжан Б. и др.
    BMC Растение Биол. 2018 17 октября; 18 (1): 242. doi: 10.1186/s12870-018-1446-7.
    BMC Растение Биол. 2018.

    PMID: 30332993
    Бесплатная статья ЧВК.

  • Профилирование транскриптома и каталогизация дифференциальной экспрессии генов в цветочных почках фертильных и стерильных линий хлопчатника (Gossypium hirsutum L.).

    Хамид Р., Томар Р.С., Мараши Х., Шафаруди С.М., Голакия Б.А., Мохсенпур М.
    Хамид Р. и др.
    Ген. 2018 20 июня; 660: 80-91. doi: 10.1016/j.gene.2018.03.070. Epub 2018 23 марта.
    Ген. 2018.

    PMID: 29577977

  • Некодирующие РНК и мужская стерильность растений: современные знания и перспективы на будущее.

    Мишра А., Бора А.
    Мишра А. и др.
    Plant Cell Rep. 2018 Feb; 37(2):177-191. doi: 10.1007/s00299-018-2248-y. Epub 2018 13 января.
    Представитель Plant Cell Rep. 2018.

    PMID: 29332167

    Обзор.

  • Успехи в понимании молекулярных механизмов цитоплазматической мужской стерильности и восстановления у риса.

    Тан Х, Се Ю, Лю Ю Г, Чен Л.
    Тан Х и др.
    Завод Репрод. 2017 дек;30(4):179-184. doi: 10.1007/s00497-017-0308-z. Epub 2017 7 октября.
    Завод Репрод. 2017.

    PMID: 28988325

    Обзор.

Посмотреть все похожие статьи

Цитируется

  • Конъюнктивный анализ BSA-Seq и BSR-Seq раскрывает Msβ-GAL и MsJMT в качестве ключевых генов-кандидатов цитоплазматической мужской стерильности у люцерны ( Medicago sativa L.).

    Чжоу Л. , Ван Ю., Сюй С., Ян Д., Ю. В., Мяо Ю., Сюй Б.
    Чжоу Л. и др.
    Int J Mol Sci. 2022 28 июня; 23 (13): 7172. дои: 10.3390/ijms23137172.
    Int J Mol Sci. 2022.

    PMID: 35806189
    Бесплатная статья ЧВК.

  • Сложность транскрипта и новое понимание линии восстановителей в хлопке CMS-D8 с помощью полноразмерного транскриптомного анализа.

    Фэн Дж, Ли И, Чжан Дж, Чжан М, Чжан Х, Шахзад К, Го Л, Ци Т, Тан Х, Ван Х, Цяо Х, Линь Зи, Син С, У Дж.
    Фэн Дж. и др.
    Фронт завод науч. 2022 21 июня; 13:930131. doi: 10.3389/fpls.2022.930131. Электронная коллекция 2022.
    Фронт завод науч. 2022.

    PMID: 35800603
    Бесплатная статья ЧВК.

  • Полногеномная идентификация генов PME, анализ эволюции и экспрессии в сое (Glycine max L.).

    Ван Л. , Гао И., Ван С., Чжан Ц., Ян С.
    Ван Л. и др.
    BMC Растение Биол. 2021 6 декабря; 21 (1): 578. doi: 10.1186/s12870-021-03355-1.
    BMC Растение Биол. 2021.

    PMID: 34872520
    Бесплатная статья ЧВК.

  • Дифференциально экспрессируемые гены, общие для двух разных типов цитоплазматической мужской стерильности (CMS) Silene vulgaris , предполагают важность окислительного стресса в аборте с пыльцой.

    Крюгер М., Абейавардана ОАЖ, Крюгер С., Юржичек М., Шторхова Х.
    Крюгер М. и соавт.
    Клетки. 2020 16 декабря; 9 (12): 2700. doi: 10.3390/cells9122700.
    Клетки. 2020.

    PMID: 33339225
    Бесплатная статья ЧВК.

  • Всесторонний интегрированный анализ транскриптома и метаболома для выявления ключевых генов и основных метаболических путей, участвующих в CMS у кенафа.

    Тан М., Ли З., Луо Д., Вэй Ф., Кашиф М.Х., Лу Х., Ху И, Юэ Дж., Хуан З., Тан В., Ли Р., Чен П.
    Тан М и др.
    Представитель Plant Cell Rep. 2021 Jan; 40(1):223-236. дои: 10.1007/s00299-020-02628-7. Epub 2020 30 октября.
    Представитель растительных клеток 2021.

    PMID: 33128088

Просмотреть все статьи «Цитируется по»

использованная литература

    1. Растительная клетка. 2004;16 Приложение:S46-60

      —

      пабмед

    1. Отчет о растительных клетках, март 2008 г .; 27 (3): 553-61.

      —

      пабмед

    1. Растительная клетка. 2002 Декабрь; 14 (12): 3133-47

      —

      пабмед

    1. ПЛОС Один. 2007 г., 25 июля; 2 (7): e648

      —

      пабмед

    1. Chem Rev. 1996 7 ноября; 96 (7): 2541-2562

      —

      пабмед

термины MeSH

Сложность транскрипции и новое понимание линии реставраторов в хлопке CMS-D8 посредством полномасштабного транскриптомного анализа

. 2022 21 июня; 13:930131.

doi: 10.3389/fpls.2022.930131.

Электронная коллекция 2022.

Хуанхуань Фэн
1

2
, Юнци Ли
1

2
, Цзиньфа Чжан
3
 , Мэн Чжан
1
 , Сюэсянь Чжан
1
 , Кашиф Шахзад
1
 , Липин Го
1
 , Тинсян Ци
1
 , Хуини Тан
1
 , Хайлин Ван
1
 , Сюцинь Цяо
1
 , Чжунсю Линь
2
 , Чаочжу Син
1
 , Цзяньюнг Ву
1

Принадлежности

  • 1 Государственная ключевая лаборатория биологии хлопка Института исследований хлопка Китайской академии сельскохозяйственных наук, Аньян, Китай.
  • 2 Национальная ключевая лаборатория генетического улучшения сельскохозяйственных культур, Колледж растениеводства и технологии, Хуачжунский сельскохозяйственный университет, Ухань, Китай.
  • 3 Департамент растений и наук об окружающей среде, Университет штата Нью-Мексико, Лас-Крусес, Нью-Мексико, США.

  • PMID:

    35800603

  • PMCID:

    PMC9253813

  • DOI:

    10.3389/fpls.2022.930131

Бесплатная статья ЧВК

Хуанхуан Фенг и др.

Фронт завод науч.

.

Бесплатная статья ЧВК

. 2022 21 июня; 13:930131.

doi: 10.3389/fpls.2022.930131.

Электронная коллекция 2022.

Авторы

Хуанхуань Фэн
1

2
, Юнци Ли
1

2
, Цзиньфа Чжан
3
 , Мэн Чжан
1
 , Сюэсянь Чжан
1
 , Кашиф Шахзад
1
 , Липин Го
1
 , Тинсян Ци
1
 , Хуини Тан
1
 , Хайлин Ван
1
 , Сюцинь Цяо
1
 , Чжунсю Линь
2
 , Чаочжу Син
1
 , Цзяньюнг Ву
1

Принадлежности

  • 1 Государственная ключевая лаборатория биологии хлопка Института исследований хлопка Китайской академии сельскохозяйственных наук, Аньян, Китай.
  • 2 Национальная ключевая лаборатория генетического улучшения сельскохозяйственных культур, Колледж растениеводства и технологии, Хуачжунский сельскохозяйственный университет, Ухань, Китай.
  • 3 Департамент растений и наук об окружающей среде, Университет штата Нью-Мексико, Лас-Крусес, Нью-Мексико, США.

  • PMID:

    35800603

  • PMCID:

    PMC9253813

  • DOI:

    10.3389/fpls.2022.930131

Абстрактный

Гибридное использование значительно увеличило производство сельскохозяйственных культур во всем мире. Система цитоплазматической мужской стерильности (CMS) стала эффективным инструментом для коммерческого производства гибридных семян хлопчатника. Восстанавливающая линия с доминантным геном Rf 2 способна восстановить фертильность стерильной линии CMS-D8. Однако молекулярный механизм восстановления фертильности у хлопчатника CMS-D8 остается неясным, что ограничивает более широкое использование трехлинейной гибридной селекции. В нашем исследовании технология Pacific Biosciences (PacBio) Iso-Seq была применена для понимания механизма восстановления фертильности хлопка CMS-D8. Всего было получено 228 106 полноразмерных нехимерных транскриптомных последовательностей из пыльников развивающихся цветковых почек. В результате анализа было выявлено 3174 новых изоформы, 2,597 новых генных локусов, 652 длинных некодирующих РНК, предсказанных на основе новых изоформ, 7234 события альтернативного сплайсинга, 114 транскриптов слияния и 1667 генов с альтернативным полиаденилированием. В частности, были идентифицированы два новых гена, связанных с функцией восстановления, Ghir_D05.742.1 и m64033_190821_201011/21103726/ccs , которые показали значительно более высокие уровни экспрессии в линии-восстановителе, чем в стерильных и поддерживающих линиях. Наш сравнительный полноразмерный анализ транскриптома дает новое представление о молекулярной функции Rf 2 ген восстановителя фертильности. Результаты этого исследования предлагают платформу для открытия генов-кандидатов на восстановление фертильности у хлопка CMS-D8.


Ключевые слова:

КМС-Д8; полная стенограмма; стенограмма слияния; новые изоформы; ген реставратор Rf2.

Copyright © 2022 Фэн, Ли, Чжан, Чжан, Чжан, Шахзад, Го, Ци, Тан, Ван, Цяо, Линь, Син и Ву.

Заявление о конфликте интересов

w3.org/1998/Math/MathML» xmlns:p1=»http://pubmed.gov/pub-one»> Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могли бы быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Цифры

Рисунок 1

Распределение общей длины…

Рисунок 1

Общее распределение длины данных PacBio Sequel. (A) Распределение количества и длины…


фигура 1

Общее распределение длины данных PacBio Sequel. (A) Количество и распределение длин полимеразных ридов. (B) Количество и распределение длины CCS. (C) Распределение количества и длины операций чтения FLNC.

Рисунок 2

Распределение PID (процент идентичности)…

Рисунок 2

Распределение PID (процент идентичности) до и после исправления ошибок. (A) Глобальный PID…


фигура 2

Распределение PID (процент идентичности) до и после исправления ошибок. (A) Глобальное распределение PID до исправления ошибок. (B) Распределение локального ПИД-регулятора до коррекции ошибок. (C) Глобальное распределение PID после исправления ошибок. (D) Локальное распределение PID после исправления ошибок.

Рисунок 3

Плотность длины изоформ и локусы…

Рисунок 3

Плотность длины изоформ и плотность локусов. (A) Распределение длин всех изоформ…


Рисунок 3

Плотность длины изоформ и плотность локусов. (A) Распределение длин всех изоформ на платформе PacBio Sequel по сравнению с эталонным геномом. (B) Распределение количества изоформ из каждого локуса на платформе PacBio Sequel по сравнению с эталонным геномом.

Рисунок 4

Визуализация Circos для PacBio…

Рисунок 4

Визуализация Circos платформы PacBio Sequel на уровне всего генома. (А) Двадцать шесть хромосом…


Рисунок 4

Визуализация Circos платформы PacBio Sequel на уровне всего генома. (A) Распределение двадцати шести хромосом генома G. hirsutum . (B) Плотность LncRNA из платформы PacBio Sequel. Чем ближе красная точка к центру, тем ниже плотность. (C) Распределение сайтов APA сопоставлено с геномом G. hirsutum . Чем ближе линия к центру, тем ниже плотность. (D) DEG линии R по сравнению с линией A и линией B. Чем ближе цвет к красному, тем выше плотность. И наоборот, чем ближе цвет к черному, тем ниже плотность. (E) Плотность новых изоформ из платформы PacBio Sequel. Чем ближе цвет к красному, тем выше плотность. И наоборот, чем ближе цвет к желтому, тем ниже плотность. (F) Распределение транскриптов Fusion. Красная линия представляет транскрипты слияния, которые вовлечены в хромосому D05.

Рисунок 5

Функциональные аннотации новых изоформ…

Рисунок 5

Функциональные аннотации новых изоформ, идентифицированных платформой PacBio Sequel. (А) The…


Рисунок 5

Функциональные аннотации новых изоформ, идентифицированных платформой PacBio Sequel. (A) Статистика количества новых изоформ в базах данных НР ГО, КЭГГ, КОГ. (B) Распределение новых изоформ в 10 лучших гомологичных Nr видах. (C) Распределение новых изоформ в терминах ГО. (D) Распределение новых изоформ в пути KEGG. (E) Распределение новых изоформ в KOG.

Рисунок 6

Идентификация событий AS. (А)…

Рисунок 6

Идентификация событий AS. (A) Распределение событий АС в обнаруженных локусах…


Рисунок 6

Идентификация событий AS. (A) Распределение событий AS в локусах, обнаруженных платформой PacBio Sequel. (B) Распределение локусов, которые продуцируют две или более изоформ сплайсинга, обнаруженных платформой PacBio Sequel.

Рисунок 7

АРА-анализ, предсказанный…

Рисунок 7

Анализ APA, предсказанный платформой PacBio Sequel. (А) Распределение поли-А…


Рисунок 7

Анализ

APA, предсказанный платформой PacBio Sequel. (A) Распределение сайтов поли-А на ген. (B) Распределение нуклеотидов вокруг сайтов расщепления поли-А.

Рисунок 8

Выражение ДЭГ. (А)…

Рисунок 8

Экспрессия ДЭГ. (A) Тепловая карта ДЭГ в линии R по сравнению…


Рисунок 8

Экспрессия ДЭГ. (A) Тепловая карта DEG в линии R по сравнению с линией A и линией B. (B) Тепловая карта значений FPKM дифференциально экспрессируемых генов в интервале-кандидате. A1, A2, A3: стерильная линия, B1, B2, B3: поддерживающая линия и R1, R2, R3: восстановительная линия. (C) Паттерны экспрессии Ghir_D05.742.1 . (D) Паттерны экспрессии m64033_190821_201011/21103726/ccs . Гистограммы показывают относительные уровни экспрессии. Линии обозначают ФПКМ. ( ** p < 0,01) Звездочки указывают на то, что разница в экспрессии генов в линиях A, B и R была очень значимой.

См. это изображение и информацию об авторских правах в PMC

Похожие статьи

  • Физическое картирование и разработка маркера InDel для гена-восстановителя Rf 2 в цитоплазматической мужской стерильной хлопковой ткани CMS-D8.

    Фэн Дж., Чжан С., Чжан М., Го Л., Ци Т., Тан Х., Чжу Х., Ван Х., Цяо Х., Син С., У Дж.
    Фэн Дж. и др.
    Геномика BMC. 2021 6 января; 22(1):24. doi: 10.1186/s12864-020-07342-y.
    Геномика BMC. 2021.

    PMID: 33407111
    Бесплатная статья ЧВК.

  • Одномолекулярное секвенирование транскриптов развивающихся пыльников хлопчатника в режиме реального времени облегчает аннотацию генома и обнаружение генов-кандидатов на восстановление фертильности.

    Ли Т., Чжан С., Го Л., Ци Т., Тан Х., Ван Х., Цяо Х., Чжан М., Чжан Б., Фэн Дж., Цзо З., Чжан Й., Син С., У Дж.
    Ли Т и др.
    Геномика. 2021 ноябрь;113(6):4245-4253. doi: 10.1016/j.ygeno.2021.11.014. Epub 2021 16 ноября.
    Геномика. 2021.

    PMID: 34793949

  • Разработка и использование маркера InDel, связанного с генами-восстановителями фертильности CMS-D8 и CMS-D2 у хлопка.

    Фэн Дж., Чжу Х., Чжан М., Чжан С., Го Л., Ци Т., Тан Х., Ван Х., Цяо Х., Чжан Б., Шахзад К., Син С., Ву Дж.
    Фэн Дж. и др.
    Mol Biol Rep. 2020 Feb; 47(2):1275-1282. дои: 10.1007/s11033-019-05240-5. Epub 2020 1 января.
    Мол Биол Респ. 2020.

    PMID: 31894465

  • Полногеномный сравнительный транскриптомный анализ CMS-D2 и его поддерживающих и восстановительных линий у горного хлопчатника.

    У Дж., Чжан М., Чжан Б., Чжан С., Го Л., Ци Т., Ван Х., Чжан Дж., Син С.
    Ву Дж и др.
    Геномика BMC. 2017 8 июня; 18 (1): 454. doi: 10.1186/s12864-017-3841-0.
    Геномика BMC. 2017.

    PMID: 28595569Бесплатная статья ЧВК.

  • Два неаллельных ядерных гена восстанавливают фертильность по гаметофитному образцу и повышают устойчивость к абиотическому стрессу у гибридного растения риса.

    Хуан В., Ху Дж., Юй С., Хуан Ц., Ван Л., Ван Л., Цинь Х., Цзи Ю., Чжу Р., Ли С., Чжу Ю.
    Хуан В. и др.
    Теория Appl Genet. 2012 март; 124(5):799-807. doi: 10.1007/s00122-011-1755-9. Epub 2011 4 декабря.
    Теория Appl Genet. 2012.

    PMID: 22139140

    Обзор.

Посмотреть все похожие статьи

использованная литература

    1. Абдель-Гани С. Э., Гамильтон М., Якоби Дж.Л., Нгам П., Девитт Н., Шилки Ф. и др. . (2016). Обзор транскриптома сорго с использованием длинных чтений одиночных молекул. Нац. коммун. 7:11706. doi: 10.1038/ncomms11706, PMID:

      —

      DOI

      —

      ЧВК

      —

      пабмед

    1. Агостини А., Брунетти М., Дэвидсон Б., Горан Тропе К., Хейм С., Панагопулос И. и др. . (2018). Идентификация новых транскриптов слияния генов циклина в эндометриоидных карциномах яичников. Междунар. Дж. Рак 143, 1379–1387. doi: 10.1002/ijc.31418, PMID:

      —

      DOI

      —

      ЧВК

      —

      пабмед

    1. Акаги Х., Сакамото М., Синдзё К., Шимада Х., Фуджимура Т. (1994). Уникальная последовательность, расположенная ниже митохондрий ATp6 риса, может вызывать мужское бесплодие. Курс. Жене. 25, 52–58. doi: 10.1007/BF00712968, PMID:

      —

      DOI

      —

      пабмед

    1. Au K.